COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.681743
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.809490
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 5.888823
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 5.932053
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 6.089585
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.252001
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.370015

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 5.972326
2021-05-27 17:00:00 5.079365 5.079365 6.074654
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 6.182352
2021-05-25 17:00:00 2.962963 4.740741 6.095454
2021-05-24 17:00:00 5.281690 5.923836 5.932533
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 5.977807
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 6.038048

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 13.369411
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 13.262398
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 13.219473
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 13.275292
2021-05-24 17:00:00 3.448276 12.895662 12.832462
2021-05-23 17:00:00 11.692308 11.692308 13.070784
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 13.300144

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.520923
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 5.874864
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.082559
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.113774
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.674818 6.068067
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 6.251832
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 6.334900

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.681968
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.830928
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 5.857745
2021-05-25 17:00:00 5.516685 5.516685 5.907380
2021-05-24 17:00:00 19.599218 4.366289 6.097163
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.358620
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.463562

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 11.366051
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 11.922348
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 12.071908
2021-05-25 17:00:00 6.945643 6.945643 12.207248
2021-05-24 17:00:00 25.609756 13.761468 12.622359
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 13.026282
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 13.391287

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 1.474719 1.474719 2.252911
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.328543
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.406813
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.477265
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.445255 2.532823
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.591020
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 2.679142

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 2.992933
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.066249
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.077636
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.070741
2021-05-24 17:00:00 5.368634 2.351899 3.065887
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.109515
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.161179

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 3.165671
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.311841
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.408076
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.488779
2021-05-24 17:00:00 4.983660 3.247272 3.504451
2021-05-23 17:00:00 5.405405 3.108253 3.572378
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 3.671336

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 5.048581
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 5.188147
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 5.282188
2021-05-25 17:00:00 4.389777 4.389777 5.324257
2021-05-24 17:00:00 3.570404 5.049548 5.339671
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.415635
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.538826

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.530172
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.792895
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.826960
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.865233
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.285188 6.737559
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 6.965893
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.025411

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.389125
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.355733
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.365049
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.324353
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.257400 1.296505
2021-05-23 17:00:00 1.145038 1.145038 1.354458
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.373344

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 7.197993
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 7.197420
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 7.326233
2021-05-25 17:00:00 4.968944 8.370703 7.453287
2021-05-24 17:00:00 6.463878 2.546816 7.742962
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 7.632098
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 7.921613

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 4.328012
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.342125
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.462441
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.497131
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.412545 4.397665
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 4.451435
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 4.452650

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 5.884636
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 6.058838
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 6.304410
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 6.475164
2021-05-24 17:00:00 4.360346 6.088509 6.461280
2021-05-23 17:00:00 7.504846 5.142315 6.660692
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 6.784761

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 13.690076
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 14.295788
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 15.003731
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 15.234547
2021-05-24 17:00:00 8.852868 14.762138 15.379370
2021-05-23 17:00:00 23.702422 23.702422 16.086885
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 16.752456

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 2.666667 2.666667 1.898176
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.914808
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 1.973274
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 2.050087
2021-05-24 17:00:00 3.021148 1.182383 2.108329
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.167156
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.238877

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 6.206385 6.206385 6.206279
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.174221
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.280965
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.253200
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.143459
2021-05-23 17:00:00 5.026399 8.088701 6.084126
2021-05-22 17:00:00 5.774625 5.774625 6.101216

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 4.386551
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.594168
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.687654
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 4.757115
2021-05-24 17:00:00 7.531509 3.774748 4.847728
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 4.981841
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.114921

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 7.067282
2021-05-27 17:00:00 3.980100 6.633499 7.046586
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 6.993729
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 7.088192
2021-05-24 17:00:00 5.882353 6.849315 6.897367
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 7.000622
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 7.048931

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 8.254091
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 8.589890
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 8.924180
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 8.845070
2021-05-24 17:00:00 17.857143 17.857143 8.975016
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 9.071942
2021-05-22 17:00:00 12.444444 5.111111 9.004132

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 8.034267
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 8.177613
2021-05-26 17:00:00 6.052694 9.563098 8.367940
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.551099
2021-05-24 17:00:00 11.709602 5.625352 8.518265
2021-05-23 17:00:00 7.319758 7.319758 8.684150
2021-05-22 17:00:00 5.958747 8.775548 8.865382

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.261645 4.261645 5.972326
Basilicata 18.210863 18.210863 13.369411
Calabria 4.502573 4.502573 5.520923
Campania 6.497752 6.497752 5.681968
Emilia-Romagna 11.476868 11.476868 11.366051
Friuli Venezia Giulia 1.474719 1.474719 2.252911
Lazio 2.972484 2.972484 2.992933
Liguria 3.473302 3.473302 3.165671
Lombardia 4.531121 4.531121 5.048581
Marche 6.109134 6.109134 6.530172
Molise 1.633987 1.633987 1.389125
P.A. Bolzano 7.324365 7.324365 7.197993
P.A. Trento 4.901961 4.901961 4.328012
Piemonte 4.704890 4.704890 5.884636
Puglia 9.157509 9.157509 13.690076
Sardegna 2.666667 2.666667 1.898176
Sicilia 6.206385 6.206385 6.206279
Toscana 4.101935 4.101935 4.386551
Umbria 10.031847 10.031847 7.067282
Valle d'Aosta 3.361345 3.361345 8.254091
Veneto 8.076923 8.076923 8.034267

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Fri May 28 17:39:03 2021 revision 306, b0e6e92f